A Comissão Nacional do Programa Eco-Escolas é composta pela ABAE / FEE Portugal e por representantes dos seguintes organismos:

• Direcção Geral de Inovação e Desenvolvimento Curricular (DGIDC/ME)
• Direcção Regional de Educação Norte (DRE Norte)
• Direcção Regional de Educação Centro (DRE Centro)
• Direcção Regional de Educação Lisboa e Vale do Tejo (DRE LVT)
• Direcção Regional de Educação Alentejo (DRE Alentejo)
• Direcção Regional de Educação Algarve (DRE Algarve)
• Agência Portuguesa do Ambiente (APA)
• Instituto da Água (INAG)
• Secretaria Regional de Ambiente e do Mar dos Açores (SRAM Açores)
• Direcção Regional de Ambiente da Madeira (DRAMB Madeira)
• Agência para Energia (ADENE)
• Instituto da Conservação da Natureza e da Biodiversidade (ICNB)
• Autoridade Florestal Nacional (AFN)
• Fórum Florestal