A Constituição de uma Comissão Nacional tem sido fundamental no desenvolvimento deste projecto, por permitir o debate interdisciplinar dos objectivos e metodologias subjacentes. Não teria sido possível à ABAE/FeeP o lançamento do ECOXXI sem o envolvimento e participação activa de um conjunto de pessoas e instituições que garantem a exequibilidade do projecto. Desta Comissão emergem por outro lado os júris especializados para reflexão, análise e avaliação de cada um dos indicadores.

Fazem actualmente parte da Comissão Nacional deste projecto as seguintes entidades:

1. Agência Portuguesa da Ambiente (APA)
2. Agência para a Energia (ADENE)
3. Associação Bandeira Azul da Europa (ABAE/Fee)
4. Associação das Agências de Energia e Ambiente - Rede Nacional (RNAE)
5. Autoridade Florestal Nacional (AFN)
6. Comissões de Coordenação e Desenvolvimento Regional (CCDR): Norte; Centro; LVT; Alentejo; Algarve
7. Conselho Nacional do Ambiente e Desenvolvimento Sustentável (CNADS)
8. Direcção Geral de Agricultura e Desenvolvimento Rural (DGADR)
9. Direcção Geral de Inovação e Desenvolvimento Curricular - Ministério da Educação (DGIDC-ME)
10. Direcção Geral de Energia e Geologia (DGEG)
11. Direcção Geral do Ordenamento do Território e Desenvolvimento Urbano (DGOTDU)
12. Direcção Regional do Ambiente dos Açores (SRAM)
13. Direcção Regional do Ambiente da Madeira (DRAmb)
14. Entidade Reguladora dos Serviços de Águas e Resíduos (ERSAR)
15. Instituto da Água (INAG)
16. Instituto de Ciências Sociais da Universidade de Lisboa (ICS)
17. Instituto de Emprego e Formação Profissional (IEFP)
18. Instituto de Investigação Científica Tropical (IICT)
19. Instituto Nacional de Estatística (INE)
20. Instituto Português da Qualidade (IPQ)
21. Instituto de Tecnologia Comportamental (INTEC)
22. Museu Nacional de História Natural (MNHN)
23. RDPP - Desenvolvimento de Projectos Empresariais, SA
24. Sociedade Ponto Verde (SPV)
26. Turismo de Portugal (TP)
27. Universidade de Lisboa - Centro de Estudos Geográficos (CEG-UL)
28. Universidade Nova de Lisboa – Faculdade de Ciências e Tecnologia (FCT-UNL)
29. Universidade Nova de Lisboa - Faculdade de Ciências Sociais e Humanas (FCSH-UNL), Instituto de Dinâmica do Espaço (IDE)
30. Universidade do Algarve (UALG)

Júri especializado por indicador

1. Promoção da Educação Ambiental /EDS por iniciativa do município
   APA, INTEC, ME, ABAE
2. Educação Ambiental - Programas FEE: Eco-Escolas+JRA
   ABAE
3. Implementação da Campanha Bandeira Azul
   ABAE
4. Agenda 21 Local e Participação
   ICS, CCDR, SRAM Açores, DRAMB Madeira
5. Informação disponível aos munícipes
   APA, ICS
6. Emprego na Área de Ambiente
   IEFP, UNL-FCT
7. Cooperação com a Sociedade Civil
   ICS, APA
8. Certificação em Sistemas de Gestão de Qualidade
   IPQ
9. Áreas Classificadas (Âmbito Conservação da Natureza)
   ABAE
10. Conservação da Natureza (Biodiversidade e Geodiversidade). Conhecer, Educar e Divulgar
    MNHN, DRAMB Madeira, IICT, SRAM Açores, INE
11. Gestão e Conservação da Floresta
    AFN
12. Ordenamento do Território e ambiente urbano
    CCDR Algarve, CCDR-LVT e Norte, DGOTDU, UNL-FCT, CNADS/ICS
13. Qualidade do Ar e Informação ao Público
    APA, CCDR
14. Qualidade da Água para Consumo Humano
    ERSAR
15. População Servida por Sistemas de Abastecimento de Água
    INAG
16. Pop. servida por sistemas de drenagem e tratamento de águas residuais
    INAG
17. Produção e Recolha Selectiva de Resíduos Sólidos Urbanos
    SPV, APA
18. Valorização de Resíduos Sólidos Urbanos
    SPV, APA
19. Valorização do Papel da Eficiência Energética na Gestão Municipal
    ADENE, DGEG, RNAE
20. Mobilidade Sustentável
    APA, DGOTDU, UALG, UNL – FCSH (IDE)
21. Qualidade do Ambiente Sonoro
    APA, CCDR
22. Agricultura Sustentável
    DGADR
23. Turismo Sustentável
    TP, RDPP